Jonathan là con của Timothy Edwards (1669-1729), một mục sư tại East Windsor, Timothy phải tìm cách bù đắp phần lợi tức ít ỏi của mình bằng cách dạy kèm các sinh viên. Vợ của Timothy, Esther Stoddard, là con gái của Mục sư Solomon Stoddard ở Northampton, bà là một phụ nữ có nhiều khả năng về trí tuệ cùng với một cá tính độc lập.

Jonathan, con trai duy nhất và là người con thứ năm trong số chín người con của họ. Cha và chị của Jonathan, cả hai đều được hưởng một nền giáo dục tốt, dạy cậu bé học. Năm lên mười, Jonathan viết một luận đề khá hài hước về tính phi vật chất của linh hồn; cậu bé tỏ ra thích thú môn lịch sử thiên nhiên, và viết một tiểu luận khá xuất sắc về tập quán của "loài nhện bay".

Jonathan nhập học tại Đại học Yale năm 1716 khi chưa đủ tuổi 13. Năm sau, cậu bắt đầu làm quen và chịu thuyết phục bởi những luận văn của John Locke. Trước khi tốt nghiệp vào tháng 9 năm 1720 với tư cách là thủ khoa và trưởng lớp, xem ra trong tâm trí của chàng trai này đã định hình một hệ thống triết học. Jonathan dành hai năm kế tiếp để theo học môn thần học tại New Haven.

Từ năm 1720 đến năm 1726, theo những điều ghi lại trong nhật ký, Jonathan khao khát tìm kiếm sự cứu rỗi và không chịu hài lòng cho đến khi có được một trải nghiệm vào năm cuối tại trường đại học, khi cậu không còn cảm giác rằng, theo sự tuyển chọn của Thiên Chúa, một số người được dành sẵn cho sự cứu chuộc trong khi những người khác bị phó cho sự hư mất đời đời, là "một học thuyết đáng ghê sợ"; nhưng ngược lại, cậu nhận biết đây là "một điều hết sức vui thỏa, tươi sáng và ngọt ngào". Jonathan nhận được niềm vui lớn lao khi ngắm xem vẻ đẹp của thiên nhiên, và vui thú khi thưởng thức ý nghĩa ẩn giấu đằng sau những dòng chữ của sách Nhã ca trong Cựu Ước.

Jonathan được phong chức mục sư tại Northampton vào ngày 5 tháng 2 năm 1727 và nhận làm phụ tá quản nhiệm cho ông ngoại ông, Solomon Stoddard. Trong năm này, ông kết hôn với Sarah Pierpont, cô con gái 17 tuổi của James Pierpont, người sáng lập Đại học Yale.

Năm 1729, Stoddard qua đời, để lại cho người cháu nhiệm vụ khó khăn của một quản nhiệm, chăm sóc một trong những giáo đoàn lớn nhất và giàu có nhất tại khu định cư.